一部のうつ病では脳内の神経伝達物質であるセロトニンの濃度が低下している場合があると考えられており、これは後述する選択的セロトニン取り込み阻害薬SSRIの薬理機序を説明する場合にも用いられる。しかし他にも心的外傷後ストレス障害と同様に神経細胞自体に物理的な破壊が起こっている、セロトニン以外にもノルアドレナリン、ドパミンドーパミン等の機能低下、コルチゾール系の分泌異常、海馬の異常、前頭葉・帯状回の血流低下など様々な生物学的要因が提唱されているし、今日のようにうつ病と呼ばれる範囲は広まりつつある現状では、このような生物学的変化を伴わないうつ病も少なくないと推測される。
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